Premiery:
- Francja: 9 września 2006
- USA: 4 października 2006
- Polska: 1 października 2007 roku.
Najkrótsza seria "Kod Lyoko". Tym razem nie okazała się takim przełomem, jak druga seria, jest "tylko" kontynuacją jej. X.A.N.A. za wszelką cenę chce zniszczyć Lyoko - skoro uciekł z Superkomputera, nie potrzebuje już Lyoko ani do istnienia, ani do działania (no chyba że gdzieś w pobliżu fabryki), ale grupa Jeremiego nadal może z nim walczyć w tylko ten sposób, toteż program musi usunąć wirtualny świat, żeby wojownicy Lyoko zostali kompletnie uziemieni. Jeden z potworów drugiej serii, Scyfozoa, służy X.A.N.I.E. do opętywania Aelity. Pod jego kontrolą, w aktywnej wieży zxanizowana Aelita wpisuje "Kod: X.A.N.A.". Wtedy kasuje się sektor. Oprócz tego, istnieje "serce" Lyoko dzięki któremu także można zniszczyć wirtualny świat. Do paczki dołącza znany od drugiej serii William, który jeszcze w tym samym odcinku staje się ciałem X.A.N.Y.
Seria kończy się, gdy X.A.N.A. niszczy ostatecznie Lyoko i odzyskuje swoją cząstkę. Od tamtej pory jest w ciele Williama. Natomiast Jeremy dostaje zakodowaną wiadomość od Franza Hoppera...
Ten sezon jest najkrótszy ze wszystkich, bowiem posiada tylko 13 odcinków (dla kontrastu, każdy z dwóch pierwszych sezonów zawierał ich po dwa razy więcej, bo po 26 epizodów).
Odcinki trzeciej serii:[]
- Odcinek 53 "W samo serce"
- Odcinek 54 "Lyoko minus jeden"
- Odcinek 55 "Fala przypływu"
- Odcinek 56 "Fałszywy trop"
- Odcinek 57 "Aelita"
- Odcinek 58 "Zawody"
- Odcinek 59 "Tajemnica"
- Odcinek 60 "Chwilowe szaleństwo"
- Odcinek 61 "Sabotaż"
- Odcinek 62 "Bezcielesność"
- Odcinek 63 "Potrójny kłopot"
- Odcinek 64 "Podwójny kłopot"
- Odcinek 65 "Ostatnia runda"