Replika jest "wyspą" znajdującą się w Sieci, wyglądającą z zewnątrz podobnie jak Lyoko. X.A.N.A. stworzył je na podstawie danych od Waldo'a Schaeffera (Franza Hoppera) i Aelity. Do Replik wejście od strony Sieci jest zablokowane. Należy rozszyfrować klucz aktywujący otwarcie wejścia. Aelita i Jeremy uzyskują dostęp do Replik dzięki programowi rozszyfrowującemu kody dostępu do Replik.
Będąc w Replice, bohaterowie teleportują się za pośrednictwem aktywowanej wieży przez Jeremy'ego w owej Replice do miejsca w którym znajduje się superkomputer z tą Repliką. Mają trzynaście minut na odnalezienie jego dokładnej lokalizacji, a także zniszczenie go. Jeśli tego nie zrobią - ich spektrum (takie samo jak ciało w Lyoko) ulegnie teleportacji do ich Navskidów. Zawsze dwie osoby zostają w Replice, by chronić Skidbladnira, a druga dwójka idzie "w teren".
Znane Repliki:
- Replika Lasu
- Replika Lodowca
- Replika Pustyni
- Replika Kartaginy
- Replika Gór (tylko w grze Code Lyoko: Quest for Infinity)
- Replika Wulkanu (tylko w grze Code Lyoko: Quest fo Infinity)
Trivia
W grze Code Lyoko: Quest for Infinity, aby zniszczyć Replikę, trzeba zniszczyć jej strażnika (bossa). Po jego śmierci superkomputer zostaje zniszczony.