W czasie obiadu William wystrzeliwuje w powietrze szklankę z pomocą widelca. Takie zachowanie zwraca uwagę Jima, który zabiera chłopaka do dyrektora. Grupa jest zaniepokojona postępkiem klona; Jeremie twierdzi, że jest w stanie poprawić jego inteligencję. Informuje także grupę, że może istnieć jeszcze co najmniej jedna replika Lyoko i proponuje zająć się jej zniszczeniem wieczorem. Rozmowę podsłuchują Milly i Tamiya; jej treść uważają za świetny temat na artykuł do gazetki. Wieczorem Aelita, Odd, Ulrich i Yumi z pomocą łodzi podwodnej przenoszą się do repliki Lyoko, przypominającej sektor pustynny. Aelita i Ulrich zostają teleportowani do laboratorium w Nowym Meksyku, a Odd i Yumi pilnują Skidbladnira przed atakami Xany. W tym czasie Milly i Tamiya dowiadują się od Williama o istnieniu Lyoko i Xany. Chłopak, chcąc udowodnić to, o czym im powiedział, zabiera je do fabryki. Jeremie odkrywa, że prawdziwy William przeniósł się na Ziemię i usiłuje zniszczyć superkomputer. Chce mu w tym przeszkodzić, ale opanowany przez Xanę chłopak pokonuje go. Do walki włącza się klon Williama; Jeremie nakazuje Tamiyi poinformowanie reszty grupy o zaistniałej sytuacji. Cała czwórka wraca na Skidbladnira. William niszczy swojego klona i usiłuje przeciążyć stos superkomputera. Grupa bezpiecznie wraca na Ziemię i ratuje superkomputer od zagłady. W międzyczasie William wraca do Lyoko. Jeremie aktywuje powrót do przeszłości.