Premiery:
- Francja: 30 sierpnia 2005
- USA: 19 września 2005
- Polska: 14 maja 2006 roku.
Prawdziwy skok! Na drugą serię pierwsi fani czekali... dwa lata! Ale było warto. Druga seria bardzo znacznie rozszerzyła fabułę, dodając pojazdy, nowy sektor, nowe postacie (Franz Hopper, Wiliam Dunbar), rozszerzając sprawy uczuciowe bohaterów oraz dodanie paru bardzo istotnych szczegółów dotyczących Superkomputera i X.A.N.Y. W dodatku zrobiono nową ramówkę początkową i końcową oraz znacznie poprawiono grafikę (szczególnie w lesie). Pojawiły się także nowe potwory, czyhające na pamięć Aelity.
Seria kończy się, gdy z Lyoko ucieka X.A.N.A.
Odcinki drugiej serii:
- Odcinek 27 "Nowy porządek"
- Odcinek 28 "Nowe terytorium"
- Odcinek 29 "Wyprawa"
- Odcinek 30 "Wspaniały dzień"
- Odcinek 31 "Pan Puck"
- Odcinek 32 "Walentynki"
- Odcinek 33 "Techno"
- Odcinek 34 "Zaginiony kod"
- Odcinek 35 "Loteria"
- Odcinek 36 "Marabunta"
- Odcinek 37 "Wspólna sprawa"
- Odcinek 38 "Pokusa"
- Odcinek 39 "Złe zagranie"
- Odcinek 40 "Atak Zombie"
- Odcinek 41 "Ultimatum"
- Odcinek 42 "Miszmasz"
- Odcinek 43 "Pocałunek X.A.N.Y."
- Odcinek 44 "Lęk wysokości"
- Odcinek 45 "Zimna wojna"
- Odcinek 46 "Deja vu"
- Odcinek 47 "Boskie ciało"
- Odcinek 48 "Jest tam kto?"
- Odcinek 49 "Franz Hopper"
- Odcinek 50 "Kontakt"
- Odcinek 51 "Odkrycie"
- Odcinek 52 "Klucze"
