Questo articolo presenta la lista degli episodi della seconda stagione della serie televisiva Code Lyoko.
Aelita è vittima di un virus di XANA, che la collega a lui. Se il supercomputer viene spento, muore anche Aelita. Jeremie deve trovare l'antivirus. XANA cerca di rubare la memoria di Aelita per prendere le chiavi di Lyoko e sfuggire dal supercomputer. In questa stagione, Jeremie e gli altri cominciano a saperne di più sulle origini di Lyoko e di XANA.