I Ninja sono di colore nero con trisce verdi sul tutto il corpo, per combattere hanno delle spade che possono far comparire e scomparire a loro piacimento, e talvolta un raggio d'energia verde che può immobilizzare il nemico. I loro poteri sono:
- Diventare invisibili.
- Supervelocità.
- Attraversare le pareti.
- Nuotare nel Mare digitale.
A quanto pare hanno pochi punti vita, quindi bastano pochi colpi per sconfiggerli, anche se è difficile attaccarli visto che sono veloci nell'usare le spade e devirtualizzare i Guerrieri Lyoko.
I ninja sono gli unici mostri che non controlla XANA ma invece sono controllati da Tyron, e infatti quando vengono sconfitti non esplodono ma hanno un processo di devirtualizzazione come i Guerrieri Lyoko. Infatti nell'episodio 105 (Il risveglio del guerriero) si scopre che loro non sono robot ma esseri umani come i Guerrieri Lyoko.
Sono presenti solo nella quinta stagione (Code Lyoko - Evolution) nel cuore di Cortex.