Code Lyokon maailma:
Eka saaga: Neljä nuorta, Yumi, Odd, Ulrich ja Jeremy auttavat ohjelmaa nimeltä Aelita uhmaamaan ilkeää virusta nimeltä X.A.N.A. Aelita pitää saattaa virtuaalisessa maailmassa nimeltä Lyoko torniin aina kun X.A.N.A. hyökkää (hävittää painovoiman, ottaa haltuunsa nallekarhuja, kadottaa sankareiltamme mahdollisuuden palata maahan jne...). Kuten muut ryhmän jäsenet, Aelita ei voi materialisoitua maahan menettäessään kaikki elämäpisteensä (100), vaan sen sijaan katoaa lopullisesti. Tämän takia Jeremy yrittää koko saagan ajan löytää koodia joka saisi Aelitan maahan, jotta he voisivat sammuttaa Supertietokoneen (pitää Lyokoa ja X.A.N.A.A päällä).
Toka saaga: Jeremy on saanut ekan saagan lopussa Aelitan lopultakin maahan, ja he koettivat sammuttaa Supertietokoneen. Heti kun Jeremy teki sen, Aelita pyörtyi, joten hän kytki virran uudestaan, mutta Aelita pysyi tainnoksissa. Hän heräsi vasta myöhään illalla, koulun terveydenhoitajalla. Mutta siis tokassa saagassa Jeremy ohjelmoi Yumille, Ulrichille ja Oddille kulkuneuvot. Yumilla on Lintu(Overwing),jota Aelita käyttää myös usein, Ulrichilla on lentopyörä(Overbike)ja Oddilla lentolauta(Overboard). Saagan alussa Lyokotaistelijoille selviää myös että X.A.N.A. voimistuu jokaisen Palataan menneisyyten ohjelman yhteydessä yhteydessä. Ja X.A.N.A. pystyy myös ottaa hallintaansa ihmisiä, kun ennen ei pystynyt. Ja saagan lopussa Lyokotaistelijoille selviää että Aelita ei olekaan alkujaan pelkkä ohjelma, vaan itsensä Franz Hopperin, Lyokon ja X.A.N.A.N. luojan, tytär. Saagan viimeisessä jaksossa Aelita saa muistinsa takaisin.
Kolmas saaga: Saagan ensimmäisessä jaksossa Lyokotaistelijat löytävät Viitossektorilta X.A.N.A.N. ansiosta uuden salin, Lyokon sydämen salin, Viidennen alueen keskustasta. Lyoko ja Maapallo on suuremmassa vaarassa kuin koskaan, koska tokan saagan vikassa jaksossa sen yhteydessä kun Aelita sai muistinsa takaisin, X.A.N.A. karkasi Supertietokoneesta, joten vaikka sen nyt voisi sammuttaa ilman että Aelita pyörtyy, se ei tuhoaisi X.A.N.A.A. Saagan kuluessa X.A.N.A. yrittää saada Lyokoa tuhottua alue alueelta, ja sitten kun niitä ei ole enää, Lyokotaistelijoilla ei ole mitään mahdollisuutta mennä viidenteen alueeseen. Se on mahdollista vain menemällä jonkun alueen laidalle. Kun Metsän, Aavikon, Jäätikön ja Vuoriston alueita ei enää ollut (ne tuhoutuivat kirjoitetussa järjestyksessä), Jeremyn yhtenä aamuna lähettämä etsintäkoodi tuotti tulosta, ja heillä oli taas mahdollisuus taistella XANAA vastaan. Tokavikassa jaksossa sankarimme päättivät että ottavat uuden taistelijan joukkoonsa: Williamin. Mutta vikassa jaksossa herra vähän töppäsi ja Lyoko katosi lopullisesti ja William siirtyi X.A.N.A.N. puolelle.
Neljäs saaga: William on siirtynyt X.A.N.A.N. puolelle ja se yrittää saada pudotettua Aelitan numeraaliseen mereen. Neljännessä saagassa on myös pari isoa plussaa: sankareillamme on uudet asut, ja Aelita ja Jeremy ovat ohjelmoineet Skidbladnir- nimisen aluksen, jonka avulla sankarimme pystyvät seilaamaan numeraalisessa meressä. Lyokotaistelijat yrittävät saada Williamia takaisin, huonoin tuloksin, ja myös tuhoavat Replikoita, joita on satoja ympäri numeraalista merta ja ne ovat kopioita jostakin Lyokon viidestä alueesta. Jeremy lopulta keksii keinon saada Williamin takaisin, ja parin kommelluksen jälkeen se onnistui. William oli hieman epätoivoinen X.A.N.A.lle kostamisesta, ja toiseksi viimeisessä jaksossa poika töppäsi uudestaan ja jäi X.A.N.A.N hallinnan alle, mutta tällä kertaa maassa, ja kyseessä oli kuitenkin vain torni. Kyseisessä jaksossa Franz Hopper kuolee, ja X.A.N.A. kuolee kanssa. Viimeisessä jaksossa Lyokotaistelijat empivät vähän Supertietokoneen sammuttamisen kanssa (paitsi Yumi), mutta lopulta sammuttivat sen.
Code Lyoko on virallisesti loppu
